1187的朱熹出任(ren)江南西路提(ti)点刑狱(yu)公事，管理赣州(zhou)（今(jin)赣县）、江州(zhou)（今(jin)九江）一带(dai)地方的司法、刑狱(yu)、监察、农(nong)事等方面的事务。不久王淮罢去(qu)，理学一时得势，朱熹更是仕途顺利。
几年后受宰相赵(zhao)汝愚(yu)推(tui)荐，当上焕章阁侍制兼(jian)侍讲(jiang)，即皇帝(di)的顾问(wen)和教师。刚即位(wei)不久的宁宗全面(mian)肯定了(le)理学(xue)，称(cheng)朱为“儒宗”，这反(fan)映了(le)苟安(an)江南的南宋(song)企图以理学(xue)加强内部团结的希(xi)望(wang)。朱熹为宁宗进讲(jiang)《大学(xue)》，每逢双日早晚进讲(jiang)，但他借此(ci)机会对朝政(zheng)多有批(pi)评，终于使(shi)宁宗不满(man)，加以干预朝政(zheng)的罪名，被逐出朝廷。
1190年(nian)朱熹知福建(jian)漳州，时值土(tu)地(di)兼(jian)并(bing)盛(sheng)行，官僚地(di)主(zhu)倚势吞并(bing)农民(min)耕地(di)，而(er)(er)税(shui)(shui)额没(mei)有随地(di)划归地(di)主(zhu)，至使“田(tian)税(shui)(shui)不均”，朱熹提出(chu)“经界”，即核(he)实(shi)田(tian)亩，随地(di)纳税(shui)(shui)。遭(zao)到(dao)官僚地(di)主(zhu)的强烈反对(dui)。“经界”终于未能推行，朱熹愤而(er)(er)辞职(zhi)抗议。
1193年朱熹任职(zhi)于(yu)湖南，又主持修复了四大(da)书(shu)院之一的(de)(de)岳麓书(shu)院。书(shu)院在南宋发(fa)展盛行，几乎取代官学，这种盛况是与朱熹的(de)(de)提倡(chang)直接(jie)有关的(de)(de)。
庆元元年(nian)（1195年(nian)）朱熹在朝(chao)廷的支(zhi)持者赵汝(ru)愚受(shou)韩胄排(pai)挤被罢相位，韩势盛(sheng)极一(yi)时(shi)。韩因朱熹曾参与(yu)赵汝(ru)愚攻(gong)击自己(ji)的活动(dong)，于是发动(dong)了一(yi)场抨(peng)击“理学”的运动(dong)。
庆元二(er)年（1196年）叶翥上书，要求把道学家的(de)(de)书“除毁”，科举取(qu)士，凡涉程朱(zhu)(zhu)义理不取(qu)。监(jian)察(cha)御(yu)史沈继祖指控朱(zhu)(zhu)熹(xi)十罪，请(qing)斩。朱(zhu)(zhu)熹(xi)的(de)(de)得意门(men)生(sheng)蔡(cai)元定被逮捕，解送道州(zhou)。一(yi)(yi)时理学威风扫地，被斥(chi)为(wei)“伪(wei)学”，朱(zhu)(zhu)熹(xi)被斥(chi)为(wei)“伪(wei)师”，学生(sheng)被斥(chi)为(wei)“伪(wei)徒”。宁宗一(yi)(yi)改旧(jiu)态，下诏命凡荐举为(wei)官，一(yi)(yi)律不取(qu)“伪(wei)学”之(zhi)士。
庆元六年(nian)（1200年(nian)）三(san)月初九，朱熹终(zhong)于在家里(li)忧愤(fen)而死(si)，享年(nian)七(qi)十(shi)一岁(sui)。临(lin)死(si)还在修改《大学诚(cheng)意(yi)章》，他矢志于树立自己(ji)的理(li)学，然(ran)而生(sheng)前终(zhong)未如愿。
